Первый состав Совета молодых ученых был сформирован в 60-е гг. XX в.
В разные годы Председателями СМУ были:
д.б.н., чл.-корр. РАН, гл.н.с. лаб. палеоэкологии
д.б.н., зав. лаб. филогенетики и биохронологии
1988-1992: 
1993-1998:
д.б.н., зам. директора по научной работе, зав. лаб. экотоксикологии популяций и сообществ
1999-2001:
Ирина Леонидовна Гольдберг
к.б.н., н.с. лаб. биоразнообразия растительного мира и микобиоты, живет в Дании
2001-2003:
к.б.н., ученый секретарь Института, зав. лаб. палеоэкологии
2003-2007:
д.б.н., зав. лаб. биоразнообразия растительного мира и микобиоты
2007-2010: 
2010-2015: 
2015-2017:
к.б.н., н.с. лаборатории экотоксикологии популяций и сообществ
2018-2022:
Светлана Юрисовна Абдульманова
к.б.н., c.н.с. Арктический научно-исследовательский стационар