Научная библиотека ИЭРИЖ основана в 1945 году. Первая запись в первой инвентарной книге учета сделана 21 марта 1945 года: заприходованы 3 книги, купленные в магазине № 1 СвердКоГИЗа и 9 книг из Бибколлектора. С 1 июля 1945 года стали поступать книги из Сектора специализированных библиотек АН СССР, который уже через пару лет стал основным источником комплектования книжного фонда библиотеки отечественной и иностранной литературой. Кроме того, библиотека с первых лет существования активно комплектовала свои фонды и старой литературой, в основном, из обменных фондов различных библиотек города и страны. Много книг получено от Научной (Фундаментальной) библиотеки УФАН, из Института Лесгафта, от Гербария Томского ун-та, из Географического общества СССР и т.д. Кроме того, в фонд БИУФАНа были переданы книги из библиотеки Свердловского ботанического сада, около 4,5 тысяч экз. В свою очередь ранее библиотека Свердловского ботанического сада получила книги из Ботанического кабинета УПИ и Ботанического кабинета УРГУ.
С первого года существования много книг библиотека получила в дар от своих сотрудников и авторов монографий. Среди дарителей имена первого директора Института В.И. Патрушева, сотрудника Института лесоведа И.И. Орлова, уральского фенолога В. Батманова, ленинградского профессора фитопатолога С.И. Ванина, московских ученых Н.П. Кренке, Т.Н. Бельской, А.Л. Беспрозванной и многих других. Биохимик В.Н. Суторихин подарил 23 книги.
Пополняла свои фонды библиотека и за счет покупок личных библиотек крупных ученых, через букинистические магазины. Так, в октябре 1960 года было куплено 437 экз. раритетных изданий 19-начала 20 веков из библиотеки Николая Александровича Пальчевского. Самая большая покупка - приобретение в 1972 году библиотеки ленинградского ученого-териолога П.В. Терентьева (1126 экз. отечественных книг и 496 экз. иностранных по териологии и биометрии; среди этого собрания - Британская энциклопедия в 22-х томах, Кэмбриджская энциклопедия в 10 т., уникальные словари, справочники и редкие книги).